Решение о создании коммунального музейного учреждения было принято на пленарном заседании ІІ сессии Киевского городского совета ІХ созыва 72 голосами.
Аптека в этом доме была открыта еще в 1728 году. С тех пор постоянно менялись владельцы и функционал здания, и только в 1988 году был открыт музей. В настоящее время в коллекции музея тысячи экспонатов, среди которых аптечная мебель XVIII-XIX веков, образцы аптечной посуды разных эпох, фрагменты рукописей времен Киевской Руси, учебники по медицине и терапии. Выставка занимает 12 залов.
По словам Виктории Мухи, госпожа депутата Киевсовета, председателя постоянной комиссии по культуре, туризму и общественным коммуникациям, "Аптека-Музей" фактически является музейным учреждением культуры, основной задачей которого должно быть осуществление научно-исследовательской и культурно-образовательной деятельности для сохранения и популяризации музейной коллекции, а также привлечение граждан к достоянию национального и мирового культурного наследия.
Коммунальное музейное заведение "Аптека-Музей" будет подчинено Департаменту культуры КГГА.